G. I. Joe ekibi, Mısır çöllerinden, kutup buzullarının altındaki sulara varana kadar her yerde en gelişmiş casusluk ve askeri ekipmanları kullanarak, yozlaşmış silâh satıcısı Destro ile gizemli Cobra örgütünün dünyayı kaosa sürüklemesine engel olmaya çalışıyor.